زمینه‌های بی شماری وجود دارد که از RFID برای کنترل دسترسی، ردیابی اقلام، شناسایی افراد و حیوانات و بسیاری از کاربردهای مختلف استفاده می‌شود، ولی در مواردی که در محیط‌های دریایی و رودخانه‌ای و یا زیر آب برای عملیات نظارت استفاده شود، راهکارهای کمی وجود دارد. اگرچه محدودیت‌های فنی برای این سناریوها در برخی موارد غیرقابل عبور است، اما مطالعات ثابت کرده است که در برخی موارد فناوری RFID حتی در زیر آب نیز می تواند کار کند.

RFID، مانند همه فن آوری‌های رادیویی، برای کار در آب نامناسب است. وجود نمک‌های محلول یا مواد دیگر آب را به یک رسانای جزئی تبدیل می کند. امواج الکترومغناطیسی نمی‌توانند از طریق هادی‌های الکتریکی عبور کنند. این بدان معنی است که در بیشتر موارد نمی­توان از امواج رادیویی برای برقراری ارتباط در زیر آب استفاده کرد. مطالعات ثابت کرده است که احتمال انتقال سیگنال‌های رادیویی زیر آب به دو عامل بستگی دارد: هدایت آب و فرکانس امواج رادیویی. در حالی که رسانا بودن آب عاملی است که برای افزایش امکان استفاده از امواج رادیویی در زیر آب قابل اصلاح نیست، بدیهی است که تنها عاملی که می تواند برای افزایش کارایی اصلاح شود، فرکانس رادیویی است.

نیروی دریایی آمریکا در حال آزمایش استفاده از فناوری RFID برای برنامه‌های خود بر اساس استفاده از وسایل نقلیه بدون سرنشین زیر آب است. سایر برنامه‌ها استفاده از RFID را برای نظارت بر خطوط لوله زیر آب، با فرستنده‌های RFID به عنوان نشانگر برای تضمین یکپارچگی لوله‌ها، پیش بینی می‌کنند. RFID همچنین در آکواریوم‌ها برای شناسایی ماهی‌ها، به همان روشی که کپسول RFID با فرکانس پایین در پرورش گاو استفاده می شود، استفاده شده است. سرانجام RFID به عنوان راهی برای ردیابی حرکت سنگریزه‌ها در سواحل، به منظور تجزیه و تحلیل تأثیر فرسایش ساحلی در طوفان‌های دریایی استفاده شده است.

این آزمایشات با استفاده از ریدری که معمولاً برای کنترل دسترسی استفاده می‌شود، انجام شد. برای آزمایش از انواع مختلف تگ ها استفاده شده است، از دیسک‌های پلاستیکی گرفته تا برچسب‌های شیشه‌ای. در این آزمایشات سعی شده تا حد امکان شرایط واقعی محیطی شبیه سازی شود: برای دستیابی به این نتیجه، مدلی از کف دریا با استفاده از یک لوله پلاستیکی استفاده شد. نتایج آزمایشات آزمایشگاهی در جدول 2 نشان داده شده است و نشان می دهد که با استفاده از فرکانس پایین، خواندن برد طولانی در زیر دریا نیز امکان پذیر است. این آزمایش در دو نوبت انجام شده و نتایج بدست آمده در دو زیر مجموعه تقسیم می شوند: سه نتیجه اول مقدار متوسطی از بهترین و بدترین مقدار اتصال را فراهم می کنند، در حالی که سه مورد دوم این دو مقدار را جداگانه ارائه می دهند نتایج مطابق با تجزیه و تحلیل نظری است. دامنه خواندن کمتر از عمق نفوذ است که به عنوان مرز فوقانی عمل می کند.

تعداد برنامه‌هایی که تبادل اطلاعات کاملاً در زیر آب اتفاق می افتد امروزه بسیار کم است و بیشتر این برنامه‌ها مربوط به ردیابی حیوانات و نظارت بر محیط زیست، عمدتا در محیط‌های دریایی است.

از دیگر موارد استفاده فناوری RFID در زیر آب، نظارت بر خطوط لوله مورد استفاده برای حمل نفت متمرکز است. این راهکار در حال حاضر، فقط در مرحله‌ی آزمایش است. در این روش برچسب‌های RFID با فرکانس پایین مستقیماً روی خط لوله اعمال می شوند و فاصله ثابت بین یک برچسب و دیگری را حفظ می کنند. برچسب ها فرکانس 125 کیلوهرتز کار می کنند و متناسب با آن‌ها دقیقاً بر روی لوله تنظیم خواهند شد

همچنین Enertag، یک سیستم جدید را آزمایش کرد. دستگاه قرائتگر زیر آب ad-hoc : این یک دستگاه ضد آب بوده و با کابل به یک لپتاپ در یک قایق متصل شده است. این سیستم برای نظارت بر مسیر لوله استفاده می‌شود. در حقیقت، فرستنده‌ها به عنوان نقاط عطف عمل می کنند که برای شناسایی قسمت دقیق لوله استفاده می‌شود، همچنین اخطار می‌دهد که کدام قسمت از لوله آسیبی دیده و یا به رسیدگی نیاز دارد.

مسئله ضد آب بودن تگ ها برای بسیاری از کارها بسیار مهم است. برچسب‌های پلاستیکی دستگاه‌ها ذاتاً ضدآب هستند، مانند مچ بندی که در زیر آب نیز قابل استفاده است. به هر حال، تمام این دستگاه‌ها فقط برای مقاومت در برابر نفوذ آب طراحی شده اند، نه اینکه مستقیماً در زیر آب خوانده شوند. علاوه بر این، هیچ قرائتگری نمیتواند در زیر آب استفاده شود. قرائتگرهایی را که در سطح آب برد بالایی دارند به راحتی می توان یافت. آنها فقط به گونه‌ای طراحی شده‌اند که در قسمت بیرونی قرار گیرند‌ و در برابر آب و هوای بد مقاومت کنند.

توسعه تگ‌هایی است که به صورت موقت روی بطری‌ها یا سایر موارد حاوی مایعات قرار می گیرند. در این حالت این راه حل عمدتا با معرفی یک لایه دی الکتریک است که به راحتی تگ و مایع را جدا می کند و اجازه می دهد تا قرائت آن انجام شود.

ترکیب نمک و آب شیرین، همراه با تاثیری که شوری بر هدایت آب و سپس بر پارامترهای اصلی مانند عمق نفوذ آب دارد، آزمایش شده است. نتایج نشان می‌دهد که فقط در فرکانس‌های پایین امکان تهیه راه حل هایی هم برای آب شور و هم برای آب شیرین وجود دارد که محدوده خواندن زیاد مورد نیاز باشد. در حالی که احتمالا برای آب شیرین راه حل‌های کارآمد هنوز زیاد است، به ویژه برای کاربردهای کوتاه برد، RFID در آب نمک تقریباً غیر قابل استفاده می‌شود.